O IEco está dialogando com gestores públicos municipais e federais, guardiãos e proprietários de terra e instituições de pesquisa e ensino para conectar, proteger e restaurar florestas na Bacia do rio Teles Pires e Juruena. Os moradores ao longo deste caminho somam em história e cultura regional, e podem ser aliados em conservar a biodiversidade com a formação de uma rede de reservas particulares, plantio de Sistemas Agroflorestais Agroecológicos, desenvolvimento de atividades turísticas sustentáveis e contribuição na restauração florestal com o objetivo de conexão de habitats e refaunação.
O Programa Caminhos do Rio abriga os seguintes projetos desenvolvidos pelo Instituto Ecótono:
Estação de Pesquisa Jardim Amazônia
Rede Floresta: mapeamento territorial
Rota de Primatas do Mato Grosso
Expedição Zogue-Zogue-de-Mato-Grosso